Нет, здания уничтожены не будут и вообще никак не пострадают. В случае неудачной обороны ты потеряешь только некоторое количество войск и ресурсов (тем большее, чем сильнее был отряд противника).
Помни, что есть особая постройка – Пушка «Валерия», которая дает тебе прирост к добыче ресурсов. Чем выше уровень «Валерии», тем больше твоя выгода, капитан! Если же враг успешно ограбит или захватит твой остров, «Валерия» сломается – и тебе придется чинить и улучшать ее заново, начиная с 1-го уровня. Улучшается Пушка «Валерия» бесплатно!